“分化”概括当前的新三板市场结构特点或许最为恰当。新三板企业数量众多，所处行业、规模、阶段、成长性等分化严重，市场越来越复杂。相对一级股权投资市场，新三板在很多方面进行了规范、完善与提高，但交易成本仍相对较高，市场效率还有进一步提升的空间。
随着制度不断完善，加上新增私募入市带来的增量资金，2017年新三板市场投融资供需失衡的情况将会得到一定改善，同时行业分化也会日益明显。从行业估值角度看，能源、有色金属、机械、交运设备、电气设备、电子设备、信息技术等板块，A股市盈率超过新三板的3倍以上，这些领域的新三板挂牌企业成为被低估的价值洼地。总体而言，多位业内人士认为，高端装备、新材料、体育和环保四大行业或将成为新三板牛股诞生领域。